Родился 29 мая 1928 г. в Москве в семье царского генерала. Отца после революции репрессировали и отправили в ссылку, лишив семью всех благ и привилегий. Мать, дворянка по происхождению, получившая классическое образование в Институте благородных девиц, была вынуждена одна растить Михаила и младшего брата, Павла, также впоследствии известного художника. В 1940 году Михаил поступил в МСХШ, с которой после начала войны вместе с братом был эвакуирован в с. Воскресенское Башкирской ССР. Туда же отправилась и их мать, а в 1943 г. к ним присоединился и отец, тяжело раненный на фронте и комиссованный. Как пишут в биографии на суровую действительность и трудную полуголодную жизнь в эвакуации наложились суровые и по-военному строгие воспитательные меры отца. После возвращения в Москву Михаил Никонов продолжил своё обучение в Московском художественном институте им. В. Сурикова на ф-те живописи (мастерская В.П.Ефанова), который с блеском окончил в 1953 году. Однако, уже, начиная с институтского времени многие работы Михаила воспринимались, как протест. Тогда это был протест против репрессий конца 40-х на Герасимова, Алпатова и других преподавателей. В 1955 году Михаил Никонов начал выставляться, а в год седьмого Всемирного фестиваля молодёжи и студентов, впервые проходившего в Москве (1957 г.) вступил в Союз художников. Под влиянием в том числе и впечатлений от Всемирного фестиваля он вместе с группой молодых художников, своих ровесников (Н. Андронов, Б. Биргер, Л. Берлин, В. Вейсберг, Н. Егоршина, М. Иванов, К. Мордовин, М. Никонов, М. Фаворская), образовал «Группу девяти», которая, опираясь на традиции «Бубнового валета», искала новые выразительные средства и символику.. В числе группы обратился в МОСХ с идеей об организации однодневных дискуссионных выставок. После двух групповых выставок «девятки», обративших на себя внимание художественной общественности Москвы (1960 г.) и Ленинграда (1961 г.), молодой художник одним из первых принял решение выйти из состава группы, мотивируя своё решение расхождением во взглядах с некоторыми из участников этих бурных выставок. Считается одним из основоположников «сурового стиля». После приобретения полной творческой самостоятельности, Михаил начал истово работать, искать свой, абсолютно неповторимый стиль, новые краски и образы, работал в экспрессивной, жёсткой манере. Особенности творческого почерка Михаила Никонова, спустя годы, критик Александр Каменский определил, назвав художника «яростным негативистом».
Персональные выставки проходили в 1987 г. (Москва), в 1989 (Лондон), в 2010 г. – посмертная выставка «Наследие» (Москва), в 2014 «Яростный негативист» (Галерея А3, Москва), в 2020 г. – «Три художника» совместно с работами П.Ф. и В.П.Никоновых в ГТГ («Новая третьяковка», Москва). Работы находятся в ГТК, ГРМ, Брянском областном ХМ, Рязанском областном ХМ им. Пожалостина, Тульском областном ХМ, Нижнетагильском музее изобразительных искусств, Екатеринбургском художественном музее, Калининградской картинной галереи, во многих других галереях современного искусства в России и за рубежом.
Интересно сравнить его творчество с творчеством Д.С.Кондратьева, тем более, что обоих относили к «филоновцам».